San Cristobal è la quinta isola per estensione. La città principale, Puerto Baquerizo Moreno, è il secondo centro urbano dopo Puerto Ayero. Qui si trova il Galapagos National Park Visitor Center, attivo dal 1998, che offre una documentazione completa sulla storia e sugli ecosistemi delle isole Galapagos. Una delle maggiori attrazioni è Cerro Brujo, una bellissima spiaggia dove è facile avvistare pellicani, iguane e leoni marini. Cerro Brujo fu uno dei primi luoghi visitati da Charles Darwin.